ジャック・アトラスとクロウ・ホーガンと共に旅をしている最中、ユウセイ・フドウのスターダストドラゴンは、未来から来た影のターボデュエリスト・パラドックスにより、激しいターボデュエル中に奪われ、シンモンスターへと変身させられる。クリムゾンダイアゴンの助けを借りて、ユウセイはパラドックスが時間ポータルを通って過去に転移した後、彼を追いかける。あの時代でパラドックスは、まだユベールと最高王の力を持つジャデン・ユキと戦うが、既にサイバーエンドドラゴンとレインボー・ドラゴンも捕らえており、ジャデンを圧倒していた。ユウセイとクリムゾンダイアゴンは彼を敗北から救い出す。ジャデンはパラドックスの真の計画を明かす：時代を越えてモンスターを略奪し汚染することで、デュエルモンスターの創始者マキシミリオン・ペガサスを倒し、ゲームの創造を止め、三つのシリーズ全ての出来事を消し去ろうとしている。
ユウセイとジャデンはパラドックスを追い、時間を遡りゲームの王ユウギ・ムトーと遭遇することになる。しかし到着した時、パラドックスはすでに自分の時代を攻撃し、ペガサスとユウギのおじいさんの両方を殺したようで、ブルーアイズ・ホワイトドラゴンとレッドアイズ・ブラックドラゴンも盗んでいた。ユウギに説明した後、彼はユウセイとジャデンと共にパラドックスに対抗する決定的な3対1のデュエルに参加し、捕らえられたモンスターを解放し、世界と時間を救うことを目指す。
