Путешествуя вместе с Джеком Атласом и Кроу Хоганом, Стардст Драгон Юсеи Фудо захватывается Парадоксом, тенистым Турбо‑Дуэлистом из будущего, во время напряжённого Турбо Дуэла и превращается в Син Монстра. С помощью Кровавого Дракона Юсеи преследует Парадокс, пока тот проскальзывает через временной портал и приземляется в прошлом. В той эпохе Парадокс сражается с Джейденом Юки, который всё ещё владеет силами Юбеля и Верховного Короля. Однако к тому времени Парадокс уже захватил Кибер Энд Драгон и Радужный Дракон, подавляя Джейдена. Юсеи и Кровавый Дракон спасают его от поражения. Джейден раскрывает истинный план Парадокса: грабя монстров из разных эпох и коррумпируя их, он намерен убить Максимиллон Пегас, создателя Дуэль Монстров, тем самым остановив создание игры и стирая события всех трёх серий. Юсеи и Джейден решают преследовать Парадокса, что приводит их обратно во времени и к встрече с Королём игр Юги Муто. Однако, когда они прибывают, Парадокс уже нанес удар по своей эпохе, видимо убив и Пегаса, и деда Юги, а также похитил Блю‑Эйз Уайт Драгон и Ред‑Эйз Блэк Драгон. После разъяснения Юги, он соглашается присоединиться к Юсеи и Джейдену в решающем три‑на‑один дуэле против Парадокса, стремясь освободить захваченных монстров и спасти как мир, так и время до того, как станет слишком поздно.
