Юги Мутоу – наивный, изолированный школьник, который любит игры. Пока он живёт у деда, владельца игровой лавки, он обнаруживает древний египетский артефакт под названием "Милленниум Пазл". Говорят, что он исполняет любые желания тех, кто его решит; Юги решает разгадать загадку и завести друзей. После многих лет усилий он наконец завершает её и таинственным образом видит, как его желание исполняется.
В то же время новый карточный набор "Дуэль Монстры" набирает популярность. В этой игре дуэлянты сражаются друг с другом монстрами, используя магические и ловушки‑карты, чтобы помешать противнику. Юги быстро овладевает игрой и живёт спокойной жизнью со своими новыми товарищами.
Но покой Юги не длится долго. Непобедимый дуэлянт и эгоистичный миллиардер Сето Кайба похищает его деда, заставляя Юги сразиться с редким "Блю‑Айз Уайт Дракон". Он оказывается втянут в мир ожесточённых боёв, где ставки растут по мере надвигающейся тёмной силы. После неожиданного поражения Кайбы при помощи своего "другого я" – духа безымянного фараона, запертого в пазле – он неофициально получает титул "Король игр". Это новое признание вызывает зависть, и Юги вынужден использовать всю свою смекалку и волю, чтобы защитить то, что для него самое ценное.
Его путь продолжается: он сталкивается с новыми соперниками, изучает древние стратегии и открывает, что сила пазла выходит за пределы желаний. Подземные круги города принимают его в турнирах, проверяющих умение и характер, пока теневые группы ищут тайну пазла. Юги балансирует между славой и защитой близких.