В мире Дуэл Монстеров снова происходят изменения с появлением новой сети Link Vrains и инновационного метода призыва, называемого Link Summoning. Через эту цифровую арену дуэлисты могут создавать персональные аватары и стремиться к победе в виртуальной реальности, которая почти ощущается как реальная.
Однако, как и в физическом мире, киберпространство наполнено конфликтами, войнами и загадками. Много лет назад хакерский клан под названием Knights of Hanoi (Рыцари Ханоя) напал на Link Vrains. Под руководством маскированной фигуры Revolver они стремились уничтожить ИИ-систему под названием Cyberse. Их удар потерпел неудачу; один из целей, Ignis, убежал и спрятал Cyberse глубоко в сети, надеясь защитить её от враждебных сил.
Пять лет спустя школьник по имени Юусаку Фудзики встречает странный ИИ во время битвы в Link Vrains. Приняв аватар Playmaker, Юусаку и его напарник Шоуичи Кусанаги объединяются с этим странным существом. Следуя за тайнами ушедшего прошлого, Юусаку сталкивается с Рыцарями Ханоя и SOL Technologies в борьбе, способной изменить мир. Их путешествие заставляет их переосмыслить лояльность, власть и то, что значит быть дуэлистом в постоянно развивающемся цифровом пространстве.
