В поисках мести против Короля игр Сето Кайба запускает археологические раскопки в Египте, чтобы восстановить осколки Миллениум‑головоломки, которые когда-то хранили дух двойника Юги. Однако фигура в капюшоне хватает два кусочка и исчезает, прежде чем головоломка может быть собрана. Тем временем, когда Юги Мутоу и его одноклассники переходят в старший класс, они планируют будущее, не подозревая о надвигающейся угрозе. Yu☆Gi☆Oh! The Dark Side of Dimensions описывает, как злые силы искажают реальность по своему усмотрению. Согласятся ли Сето и Юги примириться, чтобы защитить мир, или же жадность Сето победит?
