ゲームの王に対する復讐心から、セト・カイバはエジプトで考古学的掘削を開始し、かつてユウギの対等な霊が宿っていたミレニアム・パズルの破片を回収しようとする。しかし、フードをかぶった人物が二つのピースを奪い取り、パズルが再組み立てされる前に姿を消す。そんな中、ユウギ・ムトと彼のクラスメートたちは高校3年生に進学し、未来計画を立てるが、迫り来る脅威に気付かない。『ユウ☆ギーオー！ ディメンションズの闇』は、邪悪な力が自在に現実を歪める様子を描く。セトとユウギは世界を守るために対立を和解するのか、それともセトの貪欲が勝利するのか？
