影の敵ユウマ・ツクモを打ち砕いた後、堅実なサポートを受けたカイト・テンジョウとリョウガ「シャーク」カミシロの協力により、バリアンの精巧な計画を成功裏に阻止した。だがユウマは、アストラルの失われた記憶を回復し彼の潜在能力を解放できるナンバーカードを取り戻す決意を固めている。ユウマとアストラルの大胆な探求について、七つのバリアン皇帝たちの間で噂が広まり、彼らはアストラルの世界を破壊し自身の生存を確保するためにカードを奪うべく動き出す。
迫り来る対決には五人の皇帝しか登場しないが、彼らは全員一致して「アストラルとユウマを一度に排除せよ」という判決を下す。一方、彼らは新たに得たZEXALの力を携えて、アストラルとユウマは地球と広大な宇宙を脅かす敵勢力に立ち向かい、支配への執念を燃やし続ける。
『ユウガイ☆オー！ZEXAL Second』は、ユウマの試練に続く謎と厳しい転換を明らかにする。アストラルが過去とその余波に苦しむ中、神々はユウマを引き続き祝福し、先に待ち受ける危険な旅路を導くのか？
