不動優星（ゆうせい）は、奪われたものを取り戻す決意を固めている。
デュエルの世界は進化し、ライディング・デュエルがネオドミノシティの住民にとって最高の娯楽となっている。
それらはデュエルディスクとオートバイを融合させたD-ウィールで行われる。
機械の達人である不動優星が自らのD-ウィールを完成させた後、かつての仲間であるジャック・アトラスはそれと不動優星の宝物カード「スターダストドラゴン」を持ち去り、崩壊寸前の故郷サテライトを捨ててネオドミノシティへ逃走した。
過去二年間、ジャックはデュエルシーンの頂点へと上り詰めてきた。一方、不動優星は仲間の助けを借りながら何年も戦略を練って準備に当たっていた。
新たに完成したD-ウィールを手に、彼はジャックと対峙するためだけの思いでネオドミノシティへ向かう。
二人とも、見えざる操り手が幕の裏で秘密に全てを操作し、はるかに大きな賭けが迫っていることを知り得ない。
