百年以上前、かつて単なる神話とされていた真の魔法は、世界中で日常的な技術へと変わった。日本の第一国立魔法大学附属高校は、同様の施設が九校ある中で、才能あふれる柴兄妹・宮希と辰也を受け入れている。学校は入学試験の結果に応じて生徒をコース1とコース2に分け、その差別が目立つようになった。コース1の生徒はコース2を「雑草」と呼び、自分たちを「花」と称する。コース1の生徒はしばしばコース2を見下し、劣っているとみなし低い地位に追いやる。辰也はコース2に落ち、宮希は優等生としてコース1に入る。彼女は兄が失敗者と呼ばれているにも関わらず、世界最高峰の魔術師の一人であることを第一高校に証明しようとする。宮希は、失敗者と呼ばれている兄が実際には世界最高の魔術師の一人であることを示す決意を固めている。『魔法科高校の劣等生』は、宮希や他の女性キャラクターたちの視点から元々の物語を再構築している。
