Более ста лет назад то, что когда-то считалось простым мифом — настоящая магия — превратилось в повседневную технологию по всему миру. Первая национальная магическая университетская приобщенная средняя школа, одна из девяти подобных учреждений, принимает талантливых братьев Шиба, Миюки и Татсуя. Школа делит учеников на Курс 1 и Курс 2 в соответствии с результатами вступительных экзаменов, что приводит к заметной предвзятости: учащиеся Курс 1 называют тех, кто попал в Курс 2 "сорняками", а сами себя — "цветами". Студенты Курс 1 часто презирают учащихся Курс 2, считая их неполноценными и отводя к низшему статусу. Татсуя попадает в Курс 2, тогда как Миюки получает место в Курс 1 как ученик с отличием. Она стремится доказать Первой Средней Школе, что несмотря на то, что её брат считается неудачником, он находится среди лучших волшебников мира. Миюки решительно хочет показать, что её брат, несмотря на то, что его называют неудачником, действительно является одним из лучших колдунов мира. Магическая школа №1 пересказывает оригинальную историю с точки зрения Миюки и других женских персонажей.
