一見、ジョー・ローガンは妻と子供と共に暮らす単純な田舎暮らしのように見える。しかし、ローガン一家はジョーが無慈悲な忍者殺しとしての過去から逃れるために、架空の身元を取っている。以前の仲間たちによる一連の著名な殺害事件を経ても、ジョーは静かな生活が安全だと信じていた――しかし、その平和は彼の古いギャングのメンバーが家族を破壊したときに崩れ去る。
殺害の標的にされていたジョーは、病院で意識を取り戻し、命を奪われるはずだった傷から生還したことに戸惑う。ローガン殺害事件を調査する任務を負った探偵エマ・サマンダとマイク・モリスは、ジョーの命を狙うもう一度の試みと遭遇する。しかし今回は彼は準備ができている。隠された技術を駆使して、攻撃者を容易に排除し、新たな人格を捨て去る。
以前の自分を取り戻し、ジョーは忍者の姿に身を包み、かつて奉仕した組織を切り裂く。復讐心に駆られ、探偵たちの協力を得て、ジョーは過去とその残る影を破壊するために限界を設けない。
彼の決意は容赦なく戦いを続け、クランのメンバーが再び彼を脅かすことがないよう永遠に排除する。
