新兵カフカ・ヒビノ（通称怪獣第8号）を捕らえた大規模作戦の後、防衛軍は彼をどう扱うか迷っていた。人間と同盟した最初の怪獣として、彼は最終的に第1師団へ配属され、あらゆる脅威に対処できるエリート部隊を強化することが期待された。しかし疑念は残り、次の任務で彼自身の価値を証明しなければならなかった。
その直後、カフカと第1師団は大群の蟻型怪獣に対峙するため派遣された。仲間のシノミヤ・キコルと司令官のナルミ・ゲンの助けを借りて、進展は順調に見えた。しかしカフカが怪獣形態へ変身できなかったとき、恐ろしい怪獣第9号が闘いに参入し、一つの目的だけを持っていた：彼を破壊し、力を奪うこと。確率は不利だったが、カフカは幼馴染で第3師団長のミナ・アシロと共に戦い続けるため、仲間たちとともにこの最も困難な挑戦に立ち向かわねばならない。
