弱々しいものの、羽田奈都香は健康文化が盛んで空気も澄んだと評判のスコヤカ市に落ち着きながらも希望を抱き続けている。彼女はすぐに二人のクラスメートと仲良くなる：家族が温泉旅館を経営するスポーツ好きで親切な佐和泉千優、そして獣医の娘で陽気かつ流行を先取りする平光日向。到着直後、奈都香は森の中に隠された病気の子犬を発見し、そこには三匹の魔法にかけられた話す獣―ラビリン、ペンギウタン、ニャトランが守っていた。彼らは子犬「プリンセス・ラテ」が謎の病に苦しんでおり、近くにいる「メガ・ビオゲン」と呼ばれるモンスターを倒し、彼が汚した土地を浄化することでしか治せないと説明した。無力感に苛まれながらも、奈都香はラテを見捨てないと誓った。その決意に触発され、ラビリンは奈都香と契約を結び、彼女にプリキュアになる力を授けた。『キュア・グレース』という名で活性化した奈都香はビオゲンに立ち向かい、地球を回復させ、ラテを蘇らせた。ビオゲンのリーダーが攻撃を強化すると、ペンギウタンとニャトランはそれぞれ千優と日向に仲間を見つけ出し、『キュア・フォンテーヌ』と『キュア・スパークル』の能力を授けた。三人のプリキュアと彼らの動物仲間は協力してビオゲンを阻止し、惑星をその闇から守らねばならない。彼らの勇気は他者に鼓舞を与え、スコヤカ市を希望の灯台へと変えていった。
