人間界では、魔術師や呪文使いはただのファンタジーに過ぎないように思われる。冒険好きなティーンエイジャー、朝日奈未来は、前夜に落ちた不思議な流れ星の跡を追いながら、その信念に挑戦することにした。やがて未来は、魔法界の不器用な魔女見習いリコに出会う。偶然、奇妙な悪役が現れたことで未来とリコは力を合わせることになる。二人は「Maho Girls Precure！」として知られる伝説のデュオとして力を覚醒させる。新たに得た驚異的な強さで、二人は魅惑と力強いクリスタルに満ちた冒険へ旅立つ。旅の途中で、二人はそれぞれの世界を結びつける隠された驚異を発見する。
