夏目隆志と彼の霊コンパニオン・マダラ（通称「にゃんこ」）は、亡くなった祖母・夏目玲子が残した『フレンズの本』から霊の名前を取り出し続けている。ある午後、学校から帰る途中で隆志はモンモンボウという隠れた霊に出会い、彼は隆志の名前を聞くと祖母を思い出す。彼の生まれつきの好奇心が、祖母がかつて住んでいた謎めいた町を調査するよう促し、彼は祖母の旧友である塚村由里恵とその息子ムクオと仲良くなり、彼女の歴史に関するさらなる詳細を明らかにする。一方、にゃんこは食べ物を探しに道すがら立ち寄り、奇妙な「霊の種」を見つける。その種は一晩で魔法のように果樹へと成長する。誘惑されてにゃんこは果実を食べ、三つのコピーへと分裂する。隆志と仲間たちはにゃんこの問題を解決しようと試みる中、町のさらなる隠された真実を明らかにしていく。
