После сообщений о нападениях существ на реактор Mount Nibel компания Shinra Electric Power Company отправляет свою элитную боевую группу SOLDIER для расследования в тени. Вместе с первоклассным SOLDIER Зэком Фэром и небольшим отрядом охранников компании легендарный воин Сефирот получает задание оценить реактор Мако по просьбе компании. В Нибельхайме, деревне, питающейся древним заводом, Сефирот раскрывает как причину появления монстров, так и истоки проекта Дженова компании Shinra в глубинах. Месяцы спустя, когда Зэк бежит по лесу, он уже не тот герой, которого однажды глубоко представлял в темноте. Он убегает от Генерального отдела дел компании Shinra — известного как Тюркс, которые решительно стремятся скрыть доказательства глубоко внутри себя, пряча их в тенях.
Madhouse Studios Япония