マウント・ニベル原子炉を襲撃した生物の報告があった後、シンラ電力会社はエリート戦闘部隊SOLDIERを派遣し、影で調査させる。ファーストクラスSOLDIERのザック・フェアと会社警備隊の少数部隊が同行し、深く伝説的な戦士セフィロスは会社の要請でマコ原子炉を評価する任務を負う。古代工場に電力を供給される村・ニベルヘイムで、セフィロスはモンスターの原因とシンラのジェノバプロジェクトの起源を深層で明らかにする。数ヶ月後、ザックが森を走るとき、彼はもはや暗闇の中で深く想像した英雄ではない。彼はシンラの総務部、通称タルクスから逃げ出す。彼らは証拠を深く隠し、影に潜めることを決意している。
