執行官 砂藤 テッペイ（旧国防軍第15統合タスクフォースの主要パイロット）は、外務省から派遣されたスカウトに接触され、再び服役するよう招待される。彼はこの提案を検討しながら、任務最後の数か月間の記憶に圧倒される。
彼の最後の作戦―コードネーム『オペレーション・フットスタンプ』―は、東南アジア連合に対する極秘攻撃だった。地上部隊は急速に崩壊し、砂藤のファーストガーディアン・ドローンは緊急物資を投下して空中支援を行い、基地へ戻った。自らの判断と矛盾する命令に従い、彼は仲間を置き去りにした。
この作戦は多くの犠牲者を出し、砂藤の指揮官である大友 樹（Itsuki Ootomo）も含まれた。三か月後、国防省での虐殺事件が起き、映像に大友樹が現場にいる姿が捉えられた。テロの疑いをかけられた大友樹を追う中で、砂藤は執行官 真岡 友美（Tomomi Masaoka）と刑事調査部門第1課と協力する。
