ユニバーサルセントリー0079年、地球連邦とゼオ王国は残酷な1年戦争で衝突した。激しい交戦の中、悪名高いゼオのエース・シャー・アズナブルは敵陣に潜入し、プロトタイプモビルスーツ「ガンダム」を奪取した。その強力な装置を手に入れたシャーは仲間を導き、圧倒的な勝利へとつなげた。しかし、ガンダムの最先端システムに予期せぬ不具合が生じ、シャーは姿を消し、彼の象徴的なクリムゾンスーツも同時に失われた。
6年後、散発的な小衝突は依然として続いていた。静かな軌道基地に、母親とともに暮らす10代の少女アマテ「マチュ」ユズリハがいた。仲間たちは厳しい研修校を耐え、マチュは植民地の境界線を越える冒険を渇望していた。その願いは、ゼオの小隊が近くで墜落させた「ガンダム クウウウウクス」――前例のない設計を持つトップティアモビルスーツ――が現れた瞬間に実現した。マチュはその機体と自然な相性を感じ取り、地球連邦軍を撃退するために操縦した。彼女は、失踪したシャーがかつて操ったものと驚くほど似たガンダムを操る謎のシュウジ・イトウから助けられた。二人は、ガンダムの高度なAIが侵害されていることを突き止め、ゼオ内部に深い陰謀が潜んでいることを示唆した。
自らの戦闘に気付かぬまま、マチュの衝突は対戦を楽しむペアで戦うメカ趣味人たちに観測された。これらの観察者は、秘密裏に活動するメカリーグの一員であり、新たなチャンピオンを探していた。興奮と仲間意識への渇望から、マチュはシュウジと手を組み、エスカレートするクラン対決の連続に踏み込み、同時に大規模な戦争が迫る兆候が浮上し始めた。戦闘が激化するにつれ、マチュは1年戦争の影が再び浮上し始めていると感じ、彼女の平和な植民地が再び覆い尽くされる危険に直面していることを悟った。
