静かな小さな村で、段木野 ヤエウという若者は、エンバーシティの有名な「ヘルハンター」に救出されました。これらの英雄に触発された彼は、いつか自分自身がヘルハンターになると誓いました。エンバーシティへ向かう旅の途中、ヤエウは知らずに混乱の渦に巻き込まれます。主な悪役ルシファーは、遺伝子改造されたエージェント「ミコ・タイイ」を派遣し、エンバーシティに潜入して機密情報を盗むよう指示します。
ヘルハンターとの激しい衝突の中で、タイイは重傷を負い意識不明に倒れます。ヤエウは倒れた作戦員を見つけ、彼の身元に気付かずヘルハンターの砦へ運び、治療を受けさせます。その過程でヤエウは偶然タイイから重要なミッション装置を奪ってしまいます。長い間待ち望んだヘルハンターへの入門を始めるヤエウは、この無邪気な行為がドミノ効果を引き起こします。タイイはエンバーシティの部隊に捕まらないよう必死で逃げるため、ヤエウと秘密裏に対決し装置を取り戻さなければなりません。
一方、ルシファーは数万の手下を解き放ち、失踪したタイイを追跡します。こうして、市全体の対決が起こり、善意の小さな行為から始まったこの闘いはエンバーシティそのものの存続を脅かす戦いへと発展します。
