オリジナルのサイエンスフィクション心理スリラーから一年半後、綱森茜は検査官としての職を続け、シビル・システムの判決を守り続けている。彼女は新人執行官と、シビルに盲目的に従う若い女性・下月ミカというジュニアオフィサーと共に務める。茜は自らの役割を省み、シビルの判断の妥当性に疑問を抱く一方で、寒気が立ち込める新たな脅威が現れる。影の人物は、シビルが精神状態を評価し将来の犯罪者を見極めるために脳スキャンから算出される「犯罪係数」を操作する方法を見つけた。この力を使い、彼は執行官を殺害し、壁に血で「WC？」とスプレーした謎のメッセージを残す。茜と第01課はまもなくこの敵との致命的な対決に巻き込まれ、シビル・システムの権威だけでなく、道徳が疑問視される世界における茜の信念の核心、そして正義の未来を揺るがす陰謀に直面する。
