2113年、外務省は秘密のパラミリタリー部隊「ピースブレーカー」を解散した。しかし、部隊は姿を消し、その行為は謎に包まれたままだった。5年後、彼らはミルシア・ストロンスカヤを殺害することで再登場した。彼女はシビル・システムの将来に不可欠な高度機密文書を所持していた—日本の潜在的犯罪者を警告する監視ネットワーク。
殺人事件を調査し、ピースブレーカーとの対決に備えるため、公共安全局長は元エンフォーサー・シンヤ・コウガミを呼び戻した。数年前に脱走していたコウガミは、現在フレデリカ・ハナシロの指揮下で外務省に勤務している。彼の復帰は、旧同僚・ツネモリ・アカネとギノザ・ノブウチカとの緊張を引き起こすが、彼らは古い恨みを脇に置き、急速に進化するサイバネティック環境の中でシビル・システムを守り、その整合性を最優先に保つ必要がある。
