2089年、宇宙戦争Iが人類とゼンターディを再編した80年後、両種族は地球上で平和に共存している。その調和は、新たな異星文明マルドゥクが太陽系に到来したことで打ち砕かれる。国連宇宙軍とマルドゥク艦隊の初対決を報道していた新人SNNジャーナリスト、神崎響は、歌でマルドゥクの戦闘力を増幅させる「エミュレーター」イシュタルに出会う。響はイシュタルを地球へ連れ帰り、彼女に生命と文化の原理を植え付けようとする。ベテランヴァルキリーエース・シルヴィー・ゲナと共に、響とイシュタルはマルドゥク司令官インゲウスの手に落ちる地球を破壊から守る計画を立てなければならない。
