地球に謎の宇宙船が墜落した後、人類は自分たちだけではないことを知る。外来の脅威に恐れ、各国は対立や争い、文化的な隔たりを放棄し、未知の脅威から人類を守り世界の安定を保つために国連の旗印の下で団結する。新設された国連指揮部はその異星船を改造し、SDF‑1マクロスと名付けることにした。しかし初飛行で、ゼンタリディ種族の艦隊が地球に降臨し、SDF‑1マクロスは独自の判断で迎撃隊を破壊し、銀河規模の戦争を引き起こす。続く紛争は急速に拡大し、無数の星系を巻き込み、宇宙の政治地図を再構築する。逃げるためにマクロスは月軌道へ向かおうとするが、船と乗っていた都市は深宇宙にテレポートされる。この混乱の中、ヒカル・一条という熱血アクロバットパイロットとミンマイ・リンという志高い歌手がいる。彼らはマクロス乗組員とともに、悲しみと闘いに満ちた壮大なオデッセイを経験し、戦争の厳しい現実に直面しながら、人類は最も暗い恐怖と向き合う。
