長い戦争の後、人々はゼントラディという巨人たちと和解し、地球を離れ、新しい家を求めて銀河を横断する巨大移民艦隊に運命を託した。人類とゼントラディが共に暮らす各宇宙コロニーには、それぞれの法則と風習、リーダーや有名人が存在する。しかし、光速を超えて文明の小島から次々と飛び回る名声を持つ者もいる。2059年、偉大な歌手シェリル・ノムがフロンティア艦隊に到着すると、その訪問は人類の存在そのものを疑わせる奇妙な出来事の連鎖の第一歩となる。突如として現れた外来昆虫種ヴァジュラの襲撃により、フロンティアは戦時状態に転換される。しかし、人類と50年間戦い続けたゼントラディは困難に慣れている。防衛者が宇宙で守りを固めている間、巨大船上の生活は続き、その中で三人の主要人物—フロンティアの住民を助け続けるシェリル・ノム、彼女の幼い友人であり学生でライバルでもあるランカ・リー、そしてパイロットとなったアーティストのアルト・サオテメ—の運命が密接に絡み合う。フロンティアの生存とアルトの心を巡る闘いにおいて、シェリル・ランカは古代の祖先の物語を繰り返し、彼らの魔法のような声で星間艦隊よりも大きな力を発揮する。誰が勝つのか知りたい？答えは簡単だ――勝者は…歌！マクロスの宇宙では常に歌が勝つ。
