В 2089 году, восемьдесят лет после того как Космическая война I преобразовала человечество и Зентраеди, оба вида мирно сосуществуют на Земле. Это согласие разрушает новое пришельческое общество Мардюк, прибывшее в нашу Солнечную систему. Во время репортажей о первом столкновении между Всемирным Союзом Космоса и армада Мардюк, новобранец журналиста SNN Хибики Канзаки встречает Иштар — "Эмулятор", усиливающий боевую мощь Мардюк через песню. Хибика переносит Иштар обратно на Землю, надеясь внедрить в неё принципы жизни и культуры. Вместе с ветераном Валькирии Сильви Генна Хибика и Иштар должны разработать план, чтобы предотвратить уничтожение Земли в руках командира Мардюк Ингьюса.