Юми Икома и Рё Масаока — молодые кадеты, отобранные для тайного задания, которым поручено управлять первыми боевыми подразделениями Фафнера; это последняя возможность человечества выжить. Их противник безжалостен, бесчувствен и обладает ужасающей способностью читать мысли людей. Из‑за этой угрозы каждый аспект операции окутан тайной даже для тех, кто непосредственно участвует. Юные пилоты должны опираться на всю свою смелость, решимость и непоколебимую веру, чтобы пережить опасные битвы, выполнить миссию или же будущее человечества навсегда окажется обреченным.