ダークテリトリーとの決定的な衝突は続き、世界中のゲーマーがアンダーワールドのサーバーに押し寄せ、人間帝国を完全な混乱へと追いやっている。アスナ・ユウキと仲間たちは新たな同盟者を守るため激しく戦うが、兵力は減少している。同時にアリス・ズベルグはワールドエンドの祭壇へ向かい、ガブリエル「ヴェクタ」ミラーは彼女を止まらず追い続ける。
同時にラースのメンバーはキリトの損傷したフラックスライトを修復する戦略を立てる。だが、メインコントロールルームに占領した侵入者は異なる目的を追っている。死と絶望に囲まれ、すべての希望が消えたように見えるとき、慣れ親しんだ声がキリトの耳に届き「いつもあなたと共にいる」と囁く。
『ソードアート・オンライン アリシゼーション – ウォー・オブ・アンダーワールド シーズン2』は、カヤバ・アキヒコの人工知能ビジョンの大団円として機能する。今、キリトと仲間たちが、この崩壊しつつある世界を、まだそれを単なるゲームとしか見なしていない者たちから守る責任を負う。
