もう一度ボスを倒し、5階層の門をくぐった後、不思議な組み合わせである桐ヶ谷カズト（"キリト"）と結城アスナは、崩れゆく廃墟と謎めいた地下墓地の壮観な眺めに迎えられる。この静かな遠足は短いものだった。ドラゴンズナイツ・ブリゲードとアインクラッド解放隊――Sword Art Onlineを根絶しようとする二大ギルド間の敵対関係は激化を続け、前線の襲撃隊の極めて脆弱な結束を危険にさらしている。
キリトとアスナは迅速に行動し、危険な賭けをして数人の仲間を集めて極めて危険な作戦に挑む必要がある。結果として、アスナと土沢美澄（"ミト"）は、近い大災害の後に再び絆を修復せざるを得なくなり、その結果、同じ世界の1階で再び離れたままである。
