Решающий конфликт с Темной Территорией продолжается, поскольку геймеры со всего мира заполняют серверы Подземного Мира и погружают Человеческую Империю в полный хаос. Асуна Юки и её спутники яростно сражаются, чтобы защитить своих новых союзников, но их ряды уменьшаются. В то же время Алиса Зуберг движется к Алтарю Конца Мира, в то время как Габриэль "Векта" Миллер преследует её без перерыва.
Параллельно члены Рат разрабатывают стратегию по ремонту повреждённого флуктуального света Кирито. Однако захватчики, которые занимают главную контрольную комнату, преследуют разные цели. Окружённый смертью и отчаянием, когда вся надежда кажется погашенной, знакомый голос доходит до Кирито, шепча: "Я всегда буду рядом с тобой".
Sword Art Online: Alicization – War of Underworld Season 2 служит грандиозным финалом видения Акихико Кайабы о искусственном человеческом интеллекте. Теперь от Кирито и его союзников зависит защита этого рушащегося мира от тех, кто всё ещё рассматривает его как простую игру.
