Даже после того, как Квинелла — понтифекс Церкви Аксима — была побеждена, беспорядки продолжались. Влияние церкви всё ещё нависает, а её последователи остаются беспокойными. Когда Казуто "Кирито" Киригайя восстановил связь с реальным миром, он был шокирован тем, что Океанская черепаха Рата — колоссальная плавающая крепость под его командованием — была атакована. Похищение вызвало внезапный короткий замыкание, которое повредило флюктлайт Кирито, оставив его в коме. Беспокоясь о безопасности Церкви Аксима, Алиса перенесла без сознания Кирито обратно в их родную деревню Рулид, игнорируя своё изгнание за нераскрытую правонарушение и рискуя своей репутацией, чтобы вернуть его домой. Теперь она живёт тихой, обычной жизнью поблизости, надеясь, что Кирито проснётся.
Но беда надвигается, когда Алиса видит, как Темная Территория уже проникает в Человеческую Империю. Враждебные силы захватывают ключевые пункты. Возвращаясь к своей прежней идентичности, Алиса Синтез Тридцать поклялась победить Темную Территорию и восстановить мир в земле, которую они защищали.
