Рен Амамия, новый ученик-школьник в Шудзин-академии, отправлен в Токио, чтобы остановиться у своего знакомого семьи Содзиро Сакуры после того, как его несправедливо поставили под условный срок за защиту женщины от сексуального насилия. По пути к своему первому дню в новой школе Рен замечает странное приложение, которое появляется на его телефоне и переносит его в мир под названием Метаверс, где находятся "тени" людей: искажённые изображения их истинных я. В Метаверсе он призывает свою Персону, внутреннюю силу, которая даёт ему возможность противостоять теням. Вместе с одноклассниками, имеющими схожие проблемы, он создает Фантом Тифс оф Хартс, стремясь спасти людей от их коррумпированных желаний, "украдя их сердце", заставляя правонарушителей почувствовать раскаяние и изменить себя. Репутация группы быстро растёт, привлекая как положительные, так и отрицательные отзывы в СМИ и подпольных кругах; критики ставят под сомнение их методы, а сторонники объединяются за их дело справедливости. Однако в разгаре своей славы Рен захватывают и задерживают. Он просыпается после сурового допроса, который внезапно заканчивается, когда появляется Сей Нийдзима — прокурор, ищущий объяснений. Как она отреагирует на его рассказ и какое будущее ждёт Фантом Тифс в неопределённом мире справедливости и закона.
