レン・アマミヤは、朱神学院の新入生として転校し、女性を性暴力から守ったことで不当に保護観察にかけられた後、家族の知人である桜宗二郎と東京に滞在するよう派遣される。新しい学校の初日へ向かう途中、レンは携帯に現れた奇妙なアプリを発見し、それが彼を「メタバース」と呼ばれる領域へと連れて行く。そこには人々の『シャドウ』――本来の自分を歪めた姿が宿る。メタバースでレンはペルソナを召喚し、シャドウに立ち向かう力を得る。似たような悩みを抱えるクラスメイトとともに、彼は「ファントム・シーフス・オブ・ハート」を結成し、腐敗した欲望から人々を救うために『心を盗む』ことで、悪行を犯した者に後悔と改革を促す。グループの名声は急速に拡大し、メディアや地下組織から好意的・否定的な称賛を集める一方、批評家は彼らの手法に疑問を投げかけ、支持者は正義への闘いを後押しする。だが、名声の頂点に立った瞬間、レンは逮捕・拘束される。彼は厳しい尋問の中で目覚め、尋問は突然終わりを告げる。検察官の二階堂彩が現れ、説明を求めてくる。彼女はレンの証言にどう応えるのか、そしてファントム・シーフスが不確かな正義と法の領域でどんな運命を迎えるのか。
