東京では新たな都市伝説が広まっている。Ask‑a‑Thief Channel に訴えを投稿すると、Phantom Thieves of Hearts が現れ、腐敗した人物の心を奪い取って正義を執行し、その人にすべての過ちを悔い改めさせるというものだ。奇妙で説明できない事件が街中で次々と起きるにつれ、より多くの住民がこの謎めいた義賊団に介入してほしいと願い、訴えを提出するようになった。
夜間に活動する泥棒・真木上一也は、自らの行為と協力者たちを疑い始めている。各々の強盗で罪悪感が増すたびに、贖罪を求めるようになった。仲間と一人で対峙できないまま、真木上は Ask‑a‑Thief Channel に要請を送った。
