映画は、ヒナタ・フユキとケロロ小隊がペルーのマチュピチュにそびえる廃墟寺院へ踏み込むシーンから始まる。探索中、ケロロは偶然にも隠された仕掛けを作動させ、たまたま見えない部屋に足を踏み入れる。そこには巨大な青い結晶が基壇の上に置かれ、鍵を保持していた。寺院の石造りのアーチは古代の秘密を囁き、ケロロが鍵を押すと結晶から微かなハミング音が脈打つように聞こえる。装置が作動し、エネルギーの波が全構造を揺らす。危険を悟り、チームは部屋から逃げ出す。逃走中、ケロロはカーボールを落とし、ヒナタは光り輝く若い女性の一瞬を目撃する。彼は「誰かが中にいた」と囁くが、説明を続ける前にその瞬間は終わる。グループは無事に脱出するが、残る不安感が彼らを追い続ける。一方、女性は輝く翼を生み出し、遠くから彼らの離脱を見守る。部屋の中で、見えない何かが結晶内で成長し始める。
