ケロロ中尉と彼の四名の准尉は、ケロン星を離れ地球に侵攻するために出発した。しかし予期せぬことに、彼らはここでの生活を楽しみ始めた。ケロロはヒタナと共に残り征服の機会を掴むべきだったが、彼はヒナタの息子フユキと友情を築いた。
いつものように、ケロロはフユキと共に彼のお気に入りのガンダム模型を購入しに行った。帰り道で、彼らは小さな神社を見つけて入った。中で、偶然壊れてしまった花瓶を発見した。翌日から奇妙な出来事が町を襲い、住民はパニックに陥った。花瓶にはケロンの古代究極兵器「キルル」が入っており、今や解放された。その瞬間、キルルの秘密を守るミララが現れ、地球を救う唯一の手段を明かした。しかし運命の力が今、結集し、希望が勝利できるかどうかは時間だけが示す。
