エレン・イェーガーはかつての味方も敵も裏切り、壊滅的な計画を実行に移す。ビースト・タイタンゼークの導きで、彼はマーレとエルディア間の古い対立を終わらせるために極端な戦術を採用するが、彼の真の動機は隠されている。血統の歴史を探ることで、エレンは自らの運命を掌握しようとする。
同時にマーレとエルディアは兵士や巨人を使って互いを破壊し合う野蛮な争いを繰り広げる。ライナー・ブラウンはエレンの軍事的猛攻を食い止めるために必死に能力を駆使し、エルディアの若者ファルコ・グリースとガビ・ブラウンは混乱の中で生き残ろうと戦う。
別の場所では、エレンの幼少期の仲間ミカサ・アッカーマンとアルミン・アルレルトが、かつての調査兵団員とともに拘束され、エレンの恐ろしい進化に揺さぶられている。ミカサと仲間たちは、エレンがまだ密かに善意を抱いているという盲目的な確信を持ち、彼の魂を救うために戦いへと突き進む。