アニー・レオンハートは先にやるべき仕事があり、またその結果としての休暇をファイルから隠さなければならない。選択肢が無いので、彼女は同盟者ヒッチ・ドレイズに代理を頼む。ヒッチは承諾するが、1つの条件を要求する:アニーはヒッチが担当していた解決不可能な行方不明事件を解明しなければならない。事件は大学卒業生で裕福なビジネスマン・エリオット・ストラトマンの娘、カーレィ・ストラトマンを中心に展開する。謎を解くための残り時間は1日しかなく、ストーッス地区の裏社会が暴徒であふれている中、アニーは少女を見つけることに全力を注がなければならない。しかし彼女が見つけた手掛かりは謎をさらに深めるだけだ―違法薬物コーダオインがストーッスにどのように侵入したのか、エリオットは何を隠しているのか、そしてカーレィはどこへ消えたのか。誰も踏み入れようとしない街の最も暗い隅々で、影が漂う。
厳しい現実に埋もれたミカサ・アッカーマンは、エレン・イェーガーの不安が胸を締め付けるように感じ、思い出し始める。彼女はアルミン・アーリャートとの会話、仲間たちへの心配、そしてすべてを失いそうになった痛ましい瞬間を思い出す。恐怖が支配すると、彼女は自分の歴史の別バージョンに直面する――ある瞬間は変わるかもしれないが、いくつかの出来事は不可避に思える。裂けた過去の余韻が響く中で、彼女の夢さえも回避できない。