自由を奪われる巨人の容赦ない脅威にもかかわらず、人類はまだ残された二つの壁の中に閉じ込められています。これらの獣を根絶するキャンペーンは続いていますが、危険は壁の外にいる巨人だけでなく、その中にいる人々からも来るのです。
コロッサル・アーマード・巨人から逃れたエレン・イェーガーは、自身の巨人能力を磨くことに専念します。クリスタ・レンツは仲間の死と向き合うために闘い、リヴァイ大尉はエレンと彼の仲間を新たな専属ユニットとして任命します。一方、エルヴィン・スミス司令官は負傷から回復しています。部隊にとってすべてが安定しているように見えますが、当局が突然エレンとクリスタを掌握したため、状況は変わります。
調査兵団の最近の勝利が注目を集め、リヴァイの過去に馴染みのある人物が逃亡者を取り戻すために動きます。官僚に追われる中、リヴァイと彼の小隊は敵をかわしながらエレンとクリスタを守らなければなりません。
エレンと仲間たちは、恐ろしい巨人に対する生存のためだけでなく、自分たち自身というより狡猾な敵に対しても戦っています。
