記憶博物館から大胆な脱走を経て、三木さやかは不安感を抱えた情報を持ってミタキハラ市に戻る。彼女が発見したことに心を乱され、さやかは真田まどかと暁美ほむらに桃江まみの居場所を明かし、さらに重要なのは魔法少女が存在する理由を説明する不穏な現実である。厳しい運命が彼女たちを待っていることを知りながら、三人は迅速に結束しマミを再び救出することを決意する。
神浜市で、八千代七海は散らばる「噂」を追いながら、ワンズ・オブ・マギウスの神経中枢であるホテルフェントホープを探す。魔法少女派閥は八千代にイロハ・タマキを見つける唯一の手がかりを与えるが、彼女の失踪は謎に包まれている。ミカズキヴィラを結集させる決意で、八千代はワンズ・オブ・マギウスを根絶し、その邪悪な計画を止めると誓う。
この背景の中で、壊滅的な脅威が立ち上がり、世界全体を危険に陥れる恐れがある。
