まどか・かなめと彼女の親友、みき・さやかは三宅原に住む典型的な中学生です。ある午後、彼女たちは「キュウベイ」と呼ばれる奇妙な猫のような存在に出会い、彼は一つだけ願いを叶えてくれると約束します。代わりに、彼女たちは魔法少女へ変身し、町を苦しめる邪悪な魔女と戦うことになるのです。経験豊かなヒロイン、桃江・まみは彼女たちに魔女狩りの技術を教えると申し出ますが、影の転校生・暁美・ほむらはキュウベイとの契約を受け入れることに警告し、理由は説明しません。魔女戦闘の残酷な現実を目撃した後、二人はキュウベイの提案を拒否することを考えます。しかし、別の魔法少女が町に到着し、さやかが愛する人を守るために願いを決意すると、緊張は急激に高まります。彼女たちはすぐに新たな力の裏にある陰惨な真実と、各願いが要求する重い代償に直面します。彼女たちの決断は、絆と決意を試す驚異的な旅への舞台を整えるのです。
