Мадока Канаме и её близкая подруга Сайака Мики являются типичными учениками средней школы, живущими в Митакихаре. Однажды послеобеденное время они встречают странное существо, похожее на кошку, по имени Кюубей, который обещает исполнить им одно желание. В обмен они превратятся в волшебные девочки и будут сражаться с злыми ведьмами, терроризирующими их город. Опытная героиня Мами Томое предлагает научить их искусству охоты на ведьм, в то время как таинственная переводница по имени Хомура Акими предостерегает их от принятия пакта с Кюубей, отказавшись объяснить свои причины. После того как они стали свидетелями жестокой реальности битвы с ведьмами, пара рассматривает возможность отказаться от предложения Кюубей. Однако когда в город приезжает ещё одна волшебная девочка и Сайака решает пожелать безопасности того, кого она любит, напряжение резко возрастает. Они вскоре сталкиваются с мрачной правдой о своих новых силах и тяжёлой ценой, которую требует каждое желание. Их решение открывает путь к необычайному путешествию, которое проверит их связи и решимость.
