После смелого побега из Музея памяти Саяка Мики возвращается в город Митакихара с тревожной информацией. Озадаченная тем, что она обнаружила, Саяка сообщает Мадоке Канаме и Хомуре Акиме местонахождение Мамы Томое — и, что важнее, тревожную реальность, объясняющую существование волшебных девочек. Хотя они осознают суровую судьбу, нависающую над ними, троица быстро решает объединиться и вновь спасти Мамю.
В городе Камихама Ячийо Нанами преследует разбросанные "шумов", пока ищет отель Фендт Хоуп, нервный центр Крыльев Магиуса. Фракция волшебных девочек предоставляет Ячийо единственный ключ к поиску Ирохи Тамаки, исчезновение которой окутано тайной. Решив собрать команду Микадзуки Вилла, Ячийо клянется уничтожить Крылья Магиуса и остановить их зловещие схемы.
На фоне этого возникает катастрофическая угроза, грозящая погрузить весь мир в опасность.
