В Митакихаре молодые девушки живут весело, иногда отгоняя злое присутствие, в то время как следуют своим спокойным ежедневным привычкам: учёбе, готовке и совместной игре. Однако Хомура Акими ощущает странное беспокойство в этой необычайно яркой обстановке — хотя остальные остаются не осознающими, она подозревает скрытые глубины: сущность, которой не следовало бы существовать, теперь перемешивается с ними, тонко влияя на их действия и шепча сомнения в их умы.
Фильм "Mahou Shoujo Madoka★Magica Movie 3: Hangyaku no Monogatari" следует за неустанным поиском Хомуры раскрыть печальную правду о происходящих странных событиях, пока она эгоистично и яростно борется за свою вечную преданность, сталкиваясь с невозможными выборами и тяжестью судьбы в этом мрачном финале пяти волшебных девочек.
SHAFT Япония