三宅原では、若い少女たちは陽気に暮らし、時折悪意を払拭しながら学習・料理・遊びといった静かな日常を送っている。しかし、アクエミ・ホムラはこの異様に明るい環境の中で奇妙な不安を感じている。ほかの少女たちは気づかないまま、彼女は見えざる深みを疑っている。存在すべきでない存在が彼女たちの間に潜み、微妙に行動を操り心に疑念を囁いているのだ。
『魔法少女まどか☆マギカ』映画3「反逆の物語」は、ホムラがこれら奇妙な出来事の悲しい真実を突き止めるために揺るぎない探求を続け、自己中心的かつ激しく永遠の献身を求めて戦い、絶望的な結末で不可能な選択と運命の重みと向き合う物語だ。
