В 2025 году механизированные существа, известные как Кикоу, внезапно появились и напали на человечество, полностью разрушив бесчисленные города. Цивилизация рухнула в руины, однако фрагмент Кикоу позже был обнаружен в Японии. В результате было основано Токийский Институт Кикоу — Тойкиген, чтобы изучать вооружение Кикоу. Приняв пословицу "бороться с ядом ядом", использование Кикоу против Кикоу стало последней стратегией человечества. Девять лет спустя исследования привели к созданию нового оружия под названием Мутцу, почти готового к боевому развертыванию. Мутцу — мощное слияние человеческого изобретательского духа и робототехники, было разработано для противодействия подавляющей мощи Кикоу. Его создатели полагали, что только пара пилотов сможет управлять таким устройством. Двое пилотов — мальчик Рин Сагами и девочка Юзуру Мидоу — были выбраны для командования Мутцу, несущими в бой стремления общества. Они встречают свою миссию с отвагой, но перед ними ждет суровая судьба.
