遠い未来、人類の大部分は『フェストム』と呼ばれる異星人によって滅亡した。生存者たちは、すべての生命を一つの存在に統合しようとする外来者との残酷な闘いを続けている。しかし、そんな世界の中にも静かな隅が存在する。特別な避難所を利用して、タツミヤ島の住民は子どもたちに無憂な成長を保証しようと努めている。しかしある日、この防御も崩れ、子どもたち自身がフェストムとの戦いに赴いた。長年の遺伝子工学実験によって、彼らは人類にとって唯一の希望となり、巨大な戦闘機『ファフニール』を操ることができる唯一の存在だった。
