21世紀初頭に銀河規模の紛争が勃発した後、地球は壊滅的な被害を受け、生態系はほぼ完全に破壊された。惑星上での生存が不可能となったため、人類はより居住しやすい条件を求めて他の世界へ移住せざるを得なかった。
新たに定住した惑星の多くを支配する専制政権、ディープ・ギャラクティック・トレード・オーガニゼーション（DGT）は、音楽を悪の力と宣言し、完全に根絶することを決定した。かつて地球に住んでいた元AKB48メンバーから急遽結成されたアイドル集団「AKB0048」は、世界中で歌が違法とされるにもかかわらず、惑星を巡りながらできる限り多くの公演を行い、音楽芸術を復興させることを誓った。彼らは新たな訓練体系で最高のパフォーマンスを目指しつつ、歌声が逮捕されることを常に回避しなければならない。AKB0048の星間ポップスターたちが音楽で調和を取り戻そうと戦う姿に注目しよう！彼らの密かなコンサートは星間ネットワーク全体で伝説となり、禁じられた音を目撃するためにすべてを賭ける観客を惹きつける。組織の容赦ない追跡にもかかわらず、AKB0048の反抗的なパフォーマンスは希望を呼び起こし、植民者の間に静かな反乱を覚醒させる。彼らの音楽は虚空を通り抜け、自由がまだ存在することを皆に思い出させる。
