石工の名匠、アカネマルは自宅を離れ、最高の作品である不死のフェニックスの炎を求めて旅立つ。道中、片目と片腕を失った盗賊・ガオウに出会う。アカネマルは親切に挨拶するが、世界を憎む無慈悲なアウトローであるガオウは彼を襲い、盗み取る。衝突は記憶に薄れ、しかし傷跡は残る。数年後、アカネマルは新たな依頼を受け入れ夢を諦めざるを得なくなる。一方、ガオウは突然の不運に見舞われ、運命が二人の未来を再編する。二人とも、運命が再び彼らを対立者として結びつけることに気付かない。かつては別々だった道が、今や野心と復讐の舞踏で交差する。奈良の静かな村々では、彼らの行いに関する囁きが黄昏時代を通じて世代へと響く。日本の奈良時代を舞台に、『火の鳥 鳳凰編』は、二人の男が選択の重みと向き合う中で、行動と結果の脆弱なバランスを探る。