初年度のテニスセンセーション、越前龍馬と青春学院男子テニス部はついに全国大会へ出場し、タイトルを掴み取るべく戦う準備が整った。
青春の開幕対戦相手は沖縄出身のヒガ中学校で、大会の「ダークホース」と呼ばれる存在だ。ヒガが初戦相手を不正行為で倒すのを目撃した青春は、クリーンで努力によって得た勝利の価値を示すと誓った。
準決勝では、青春の長年のライバルである氷帝学院が待ち受けている。彼らは関東地区大会での失敗を乗り越え、名誉を取り戻すことを目指している。絶え間ないトレーニングと集中力、熱烈な野心が彼らを全国大会へ押し上げ、そこでコーチの遺志を称え次世代の選手にインスピレーションを与えることを目指している。
氷帝は、特別招待での出場にも関わらず、全国大会にふさわしい存在だと皆を納得させることを目指している。
『テニスの王子様：全国大会編』は、待望の全国大会の始まりを描き、龍馬と青春が古くからのライバルや新たな対戦相手に立ち向かい、各々がゲームのプレイ方法について異なる哲学を持っていることを示す。
